Dalam rangka mendukung program Kementerian Lingkungan Hidup (KLH) sejak tahun 2011, SMP Muhammadiyah 3 sudah berkomitmen melaksanakan pelestarian lingkungan melalui gerakan peduli berbudaya lingkungan hidup di sekolah. Saat ini SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta memiliki predikat sekolah Adiwiyata Nasional dan akan menuju Sekolah Adiwiyata Mandiri. Dengan predikat Sekolah Adiwiyata yg lebih tinggi semoga SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta bisa lebih maju, unggul, dan berkualitas sebagai tempat belajar yang hijau, sejuk, dan nyaman serta menciptakan lulusan siswa yang memiliki perilaku ramah terhadap lingkungan. Tetap hijau, tetap bersih, tetap sehat, salam Adiwiyata!
”BERIMAN, UNGGUL DALAM PRESTASI, BERBUDAYA, DAN BERWAWASAN LINGKUNGAN”
Untuk mewujudkan visi, SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta mempunyai misi sekolah sebagai berikut:
Tujuan sekolah mengacu pada Visi dan Misi SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta, sebagai berikut: